علی خطیر بعد از انتشار نامه‌ای با مضمون اخراج نکونام، نسبت به این موضوع واکنش تندی نشان داد.
گروه ورزش|شهرآرانیوز، انتشار تصویری از صورتجلسه هیات مدیره باشگاه استقلال که متعلق به ۴۰ روز پیش بود، واکنش علی خطیر را نیز درپی داشت. مدیرعامل باشگاه استقلال که انتظار نداشته چنین تصویری از باشگاه استقلال خارج و در اختیار رسانه‌ها قرار بگیرد، درواکنش به انتشار صورتجلسه این جملات را به زبان آورده است: «متاسفانه بار دیگر شاهد اقدام بیهوده و بی نتیجه دیگری برای ضربه زدن به اتحاد استقلال بودیم. نامه‌ای بدون امضا، بدون تاریخ و بدون شماره منتشر شد که از اساس غلط و غیر واقعی است. هدف این بود ذهنیت سرمربی را نسبت به مدیریت باشگاه خراب کنند که تیرشان به سنگ خورد. من و سرمربی تیم دست یاعلی داده‌ایم و متحد شده‌ایم برای اینکه استقلال بتواند به موفقیت برسد. انتشار چنین چیز‌هایی صرفا برای ضربه زدن به اتحاد میان اعضای باشگاه و معطوف کردن حواشی به سمت استقلال است. به نظر می‌رسد حواشی دیگر تیم‌ها در روز‌های اخیر سبب شده تلاش‌هایی برای ضربه زدن به آرامش استقلال صورت بگیرد. من و جواد نکونام هر دو متحد هستیم و به هیچ وجه اجازه نخواهیم داد شخص یا اشخاصی ضربه‌ای به آرامش تیم بزنند و خللی در روند کاری تیم ایجاد کنند.»
خطیر تاکید کرده که اجازه نخواهد داد بحران تازه‌ای در استقلال ایجاد شود. او حرف‌هایش را این طور ادامه می‌دهد: «من به عنوان مدیرعامل باشگاه پرافتخار و بزرگ استقلال اجازه ضربه زدن به تیم را نمی‌دهم و قطعا با هرگونه حاشیه‌سازی برخورد خواهم کرد. گویی عملکرد استقلال و پرهیز از هرگونه حواشی در روز‌های اخیر موجب ناراحتی عده‌ای شده و آن‌ها سعی در برهم زدن آرامش تیم و باشگاه را دارند که باردیگر می‌گویم هرگز اجازه نخواهم داد به خواسته خود برسند.»
خطیر تلاش کرده در صحبت‌های تازه خود به نوعی هواداران را بابت ایجاد آرامش در تیم آسوده کند. این جملات را به عنوان بخش پایانی حرف‌هایش برگزیده است: «هواداران استقلال مطمئن باشند که من و جواد نکونام اجازه نمی‌دهیم برخی افراد به اهداف خود برای ضربه زدن به استقلال برسند. در روز‌هایی که برخی رقیبان دچار حاشیه شده‌اند، انتشار برخی اخبار و مطالب کذب، کار دشمنان قسم خورده استقلال است، اما اجازه نمی‌دهیم این افراد آرامش فعلی را از تیم بگیرند. ضمنا اینگونه حاشیه‌سازی‌ها و انتشار مطالب کذب از طریق مراجع ذی‌صلاح پیگیری حقوقی و قضایی خواهد شد.»