مرحوم شیخ مجتبی توانست تأثیر بسزایی در حوزه علمیه خراسان بگذارد. رهبر معظم انقلاب که خود نیز یکی از شاگردان حلقه درسی شیخ مجتبی قزوینی بود درباره استاد خویش می‌گویند: «من خودم از دوران جوانی و طلبگی، به مناسبت وجود دو استاد بزرگ در حوزه علمیه مشهد، با نام قزوین و قزوینی آشنا شدم.

«شیخ استاد را در مقام بیان معارف مستقل و مستغنی وحیانی و تعالیم خالص و به‌دور از التقاط قرآنی و اوصیایی و نشان دادن گوشه‌هایی از عظمت قرآن کریم و اهل‌بیت (ع)، شوقی عجیب و شوری غریب بود.»