اگر اهمیت مشهد را برای ایران با اهمیت هرات برای افغانستان مقایسه کنیم، احتمالا اشتباه نکرده‌ایم؛ ۲شهر مهم برای ۲کشور که در همسایگی هم قرار دارند و صدها سال است ارتباطی تنگاتنگی باهم دارند. ایران و افغانستان در دوره قاجار به‌عنوان ۲دولت هم‌جوار، مناسبات سیاسی خود را از زمان جنگ‌های هرات قطع کردند و سفارت و کنسولگری در قلمرو یکدیگر نداشتند. بااین‌حال، افغان‌ها تلاش کردند که در مشهد کنسولگری دایر کنند.

این اراده پس از استقلال افغانستان و رسمیت آن از سوی ایران در سال۱۲۹۹خورشیدی تحقق یافت و در پی افتتاح سفارت افغانستان در تهران، کنسولگری آن کشور در مشهد نیز دایر شد. موانعی که در دوره قاجار از توسعه روابط سیاسی ایران و افغانستان جلوگیری می‌کرد، پس از استقلال افغانستان نیز همچنان وجود داشت و انگلیسی‌ها از موانع اصلی در تأسیس و موفقیت سرکنسول‌های افغانستان در مشهد بودند.
میرزا عبدالباقی‌خان و سردار عبدالعزیزخان نخستین سرکنسول‌های افغان در مشهد بودند که از اوایل سال۱۳۰۱ تا اواخر ۱۳۰۳ خورشیدی در مشهد مستقر شدند و این کنسولگری را اداره کردند.

میرزا عبدالباقی‌خان حدود ۲ماه اول حضورش را صرف تدارک مقدمات افتتاح کنسولگری افغانستان در مشهد کرد و علت تأخیر در افتتاح کنسولگری احتمالا تأکید بر زمان و مناسبت ویژه مذهبی بوده است، زیرا پس از تأمل فراوان، زمان افتتاح کنسولگری روز ۲۷رجب۱۳۴۰ مصادف با بعثت پیامبر(ص) انتخاب شد.

کنسولگری افغانستان در مشهد از زمان تأسیس تاکنون با فرازوفرودهای زیادی همراه بوده است و به‌دلیل جمعیت زیاد مهاجران افغانستانی در استان‌های خراسان رضوی، سمنان و خراسان جنوبی، مسئولیت رسیدگی به امور کنسولی اتباع افغانستانی ساکن در این مناطق را برعهده دارد و همین امر آن را به یکی از مهم‌ترین کنسولگری‌های افغانستان در کشورهای منطقه تبدیل کرده است.

این کنسولگری در خیابان آخوند خراسانی۲۳ قرار دارد و سرکنسول فعلی آن «عبدالجابر انصار» است. رسیدگی به امور کنسولی مهاجران افغانستان، صدور انواع گواهی‌نامه‌ها، صدور روادید و گذرنامه و مواردی از این دست از مهم‌ترین وظایف نمایندگی سیاسی افغانستان در مشهد است.